1998年1月1日，纽约医院与长老会医院正式合并，组成纽约－长老会医院，成为纽约州规模最大、学科最齐全的医院。两所医院在合并之前都具有悠久的历史，在纽约大都会地区享有盛誉。

纽约医院建立于1771年，是康奈尔大学医学院的附属医院。1943年，George N. Papanicolaou最早将阴道涂片应用于宫颈癌的检测，即巴氏试验（Pap test）。1946年，Vincent du Vigneaud在世界上率先人工合成青霉素，并于1955年获得诺贝尔化学奖。1986年，Marc Goldstein将在中国广泛应用的直视钳穿法（non-scalpel vasectomy）男性绝育术首先在美国推广。纽约医院也是美国最大的烧伤中心和世界著名的体外受精中心。

长老会医院建立于1868年，是哥伦比亚大学医学院的附属医院。1930年代，Alexander Gutman最早将酸性磷酸酶作为肿瘤标志物，应用于前列腺癌的早期检测。1949年，Virginia Apgar首先将一套标准的新生儿评分系统应用于临床，即阿普加评分（Apgar Score）。1961年，对一位眼内肿瘤患者进行了激光治疗，最早将激光应用于临床治疗。1984年， Eric Rose和Keith Reetsma为一位患有先天性心脏病的4.5岁儿童进行了世界第一例儿童心脏移植手术。长老会医院下设Herbert Irving综合癌症中心则是大都会地区NIH指定的少数几家综合癌症中心之一。

纽约－长老会医院综合排名长年稳居纽约大都会地区之首。目前包括5个医学中心：艾伦医院（The Allen Pavilion）、摩根"斯坦利儿童医院（Morgan Stanley Children's Hospital of NewYork-Presbyterian）、纽约－长老会医院/哥伦比亚大学医学中心、纽约－长老会医院/威尔"康奈尔医学中心、纽约－长老会医院/威斯特切斯特分部（Westchester Division）。2005年拥有14773名雇员，5083名医生，2224张病床。收治病人超过11万人次，手术48264例。门诊145万人次，急诊近20万人次，门诊手术70280例。